五十四、本處所稱機密檔案，指依法規定列為公務機密之密件。

五十五、依據機密檔案管理辦法第四條第一項及第二項規定，業務單
        位承辦人員應使用本處機密檔案專用封套裝封，並填寫封套
        上所列資訊項目，封口由承辦人彌封簽章後，送秘書室辦理
        歸檔。封套所列案由不得略記為「密不錄由」，應記載不涉
        及機密內容之描述。

五十六、依據機密檔案管理辦法第六條規定，機密檔案應與一般檔案
        分別存放，並另備專用密件櫃保管之。

五十七、依據機密檔案管理辦法第七條規定，機密檔案庫房採單一出
        入口管制，檔案管理人員得管制人員、物品進出，並於紀錄
        表記錄之。

五十八、依據機密檔案管理辦法第八條規定，機密檔案由本處一層主
        管指定專人管理。

五十九、依據機密檔案管理辦法第九條規定，借調單位內密件應經本
        處一層主管核准，他單位密件應先經原承辦業務單位科長（
        主任）同意，並經本處一層主管核准。
        機密檔案之檢調程序依前項規定外，依本要點第三十點、第
        三十二點及第三十三點有關調用及檢調期限之規定。

六  十、依據機密檔案管理辦法第十五條暨第二十條規定，本處機密
        檔案歸還時，調案人應在機密檔案專用封套簽章後密封，並
        加註歸還日期。機密檔案若有遺失、污損、抽換、拆散等情
        事時，秘書室應協調權責單位查明責任，依規定議處；其涉
        及法律責任者，並依法處理。

六十一、依據機密檔案管理辦法第二十二條規定，本處業務承辦單位
        應主動辦理機密檔案之機密等級變更或解密事宜。
        檔案清理時，秘書室應主動提領檔案會業務單位辦理機密檔
        案之機密等級變更或解密事宜。
        經解密之檔案，由案件業務承辦人員於「公文整合資訊系統
        」填寫解密檔案案由。歸檔時，其密件公文信封套應編入頁
        數。檔案管理人員應修正檔案目錄著錄內容。